L'ASST dei Sette Laghi dispone dei seguenti Laboratori, in cui si analizzano tutti i campioni raccolti nei Centri Prelievo aziendali e in quelli convenzionati con l'ASST dei Sette Laghi:

La sede centrale di tutti i Laboratori aziendali è nel Padiglione Day Center all'interno dell'Ospedale di Circolo di Varese, ad eccezione dell'Anatomia e Istologia patologica e della Tossicologia, che si trovano in via Ottorino Rossi, sempre a Varese.

La sede principale è connessa con i vari Laboratori territoriali, a cui è demandata l’esecuzione degli esami legati alle urgenze, all'interno di un sistema fortemente integrato. 

Grazie a questa organizzazione dell'attività di laboratorio non solo si colgono i vantaggi legati alle economie di scala che derivano dal poter contare su un complesso centrale, dotato delle tecnologie più avanzate e di tutte le professionalità necessarie a far fronte anche ai casi più particolari, ma soprattutto si garantisce la massima qualità possibile alle attività di analisi: è dimostrato infatti che il margine di approssimazione delle analisi di laboratorio è tanto più basso e tendente a zero quanto maggiore è la frequenza con cui le macchine svolgono l'attività stessa di analisi. 

I Centri Prelievo che afferiscono all'ASST dei Sette Laghi sono numerosi: se ne trova uno all'interno di ogni sede ospedaliera, oltre a molti Centri Prelievo territoriali.