Nato nel 1866 grazie alla donazione di Filippo Del Ponte l'Ospedale è cresciuto e si è sviluppato per opera dell'Ordine dei Fatebenefratelli di Milano.

Nel 1957 in seguito all'importante donazione Vedani l'Ospedale ha iniziato ad accogliere e assistere anche le donne.

Nel 1959 l'Opera Pia Ospedale Del Ponte e Fatebenefratelli si sono convenzionati per promuoverne l'ampliamento.

Infine, con i rapidi cambiamenti degli anni Sessanta e le riforme in campo sanitario nel 1970, l'Ospedale viene ceduto all'Ente ospedaliero Filippo Del Ponte e alla USSL 3.

Il primo gennaio 1998, con la legge regionale 31 dell'11 luglio 1997, è stata costituita l’Azienda Ospedaliera alla quale è stata attribuita tutta l'attività di ricovero e specialistica della parte nord della provincia di Varese.

L’Ospedale “Filippo Del Ponte” fa parte dal 1998 del Presidio di Varese, in cui si articolava l'Azienda Ospedaliera “Ospedale di Circolo e Fondazione Macchi”.

Con il D.Lgs 502/92 e successive modifiche ed integrazioni, all’art. 4 comma 10, le Regioni "provvedono alla riorganizzazione di tutti presidi ospedalieri sulla base delle disposizioni di cui all’art. 4 della L. 30.12.91 n. 412, organizzando gli stessi presidi in Dipartimenti".

Dal 2001 l’Azienda Ospedaliera di Varese si è posta l’obiettivo di collocare strutture afferenti al Dipartimento Materno-Infantile all’Ospedale “Filippo Del Ponte”, per favorire la compattazione e la razionalizzazione logistica.

Nel marzo 2010 hanno preso il via i lavori per la realizzazione del nuovo Polo materno-infantile, inaugurato l'8 maggio 2017.