Le Direzioni Mediche di Presidio sono strutture complesse ed operano in line alla Direzione sanitaria.

Per ciascun Presidio Ospedaliero, (Varese e Verbano), è individuato un Direttore Medico di Presidio, al quale viene attribuita la responsabilità organizzativa, gestionale ed igienico-sanitaria del Presidio. 

Complessivamente le Direzioni Mediche operano nelle diverse sedi costituenti il Presidio di Varese (Circolo, Del Ponte, Cuasso al Monte) e del Verbano (Cittiglio, Luino). 

• Direzione Medica di Presidio - Presidio di Varese
• Direzione Medica di Presidio - Presidio del Verbano
• Direzione Medica di Presidio - Presidio di Tradate